Este modelo está basado en el principio de dualidad onda – partícula y en el principio de incertidumbre de Heisenberg. Según el principio de incertidumbre, el electrón se comporta como una onda y como una partícula y no es posible conocer o pronosticar su trayectoria.
En esta teoría no se toma en cuenta la órbita, el cual es el lugar donde existe mayor probabilidad de encontrar al electrón. Pero pronostica apropiadamente las líneas de emisión espectrales, en átomos neutros como en átomos ionizados.
El modelo de Schrödinger solo explica la distribución electrónica que presenta el átomo y la interacción con la distribución electrónica de otros átomos, pero no analiza la estructura del núcleo atómico ni su estabilidad. Por lo tanto la consideraría más una teoría que un modelo atómico.
Como las anteriores teorías y modelos, este también presenta ciertos inconvenientes para explicar ciertos aspectos de la estructura electrónica del átomo. Por ejemplo, no toma en cuenta el espín de los electrones; aunque esta falta es corregida en el modelo de Schrödinger-Pauli.
Además, desconoce los efectos relativistas de los electrones rápidos. Dicha explicación se puede apreciar en la ecuación de Dirac, la cual expone la representación del espín electrónico.
A pesar de que esta teoría pronostica de manera eficiente los niveles energéticos, a su vez no da explicación del porqué un electrón en un estado cuántico excitado desciende hacia un nivel menor si se halla alguno libre.
