Tal como sucede con muchísimas frutas, el color de las cerezas es debido a la presencia de antocianinas. Estos compuestos poseen estructuras similares, no obstante la porción de azúcar de la molécula puede variar, proporcionando una variedad de compuestos diferentes. Por ejemplo, en las cerezas dulces, la principal antocianina es la cianidina 3-O-rutinósido, mientras que en las cerezas agrias (guindas) es dominante la cianidina-3-glucosilrutinosida. Las guindas también contienen una mayor concentración de antocianinas, lo que explica que posean un color más oscuro que las cerezas dulces.
Las antocianinas al igual que los polifenoles y flavonoides son compuestos fenólicos que forman parte de las cerezas. Estos compuestos tienen efectos antioxidantes y, por lo tanto, se considera a las cerezas como un alimento bastante saludable. Los compuestos antioxidantes actúan como donantes de electrones y pueden inhibir la oxidación de otras moléculas. La oxidación produce radicales libres, que son fragmentos de moléculas que se han relacionado con la participación en una serie de condiciones médicas. Sin embargo, todavía no hay pruebas sólidas de que los antioxidantes puedan tener un impacto significativo en la mayoría de las enfermedades.
Un compuesto que contienen las cerezas y que potencialmente puede afectarlo es la amigdalina. La amigdalina se encuentra en los huesos de las cerezas y, cuando se digiere, se descompone y produce cianuro de hidrógeno (HCN). La amigdalina también está presente en las semillas de otras frutas, incluidas las manzanas y los albaricoques. Si bien es poco probable que alguien consuma grandes cantidades de huesos de cereza, es bueno conocer este dato, ya que el cianuro es un venenoso, aunque en pequeñísimas cantidades, no es preocupante su presencia, ya que los huesos de cereza solo contienen alrededor del 3% de amigdalina, y es probable que debas comer al menos 30 semillas trituradas para experimentar una toxicidad grave. Además, los huesos pasan a través de su sistema sin causar daño si se comen enteros, ya que el hueso no se digiere.
Cabe destacar que la amigdalina se halla en todas las partes de la planta de la cereza, excepto en la pulpa de la fruta, y puede representar un peligro para los animales. Las hojas marchitas del cerezo en particular son venenosas para las vacas, y se han informado casos de toxicidad y muerte.
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